Em 1771, atraído pelo maravilhoso clima e vegetação ímpar da região, Ignácio Caetano Vieira de Carvalho resolveu aqui se estabelecer e consigo trouxe seus três filhos. Quase duas décadas se passaram, quando em 27 de setembro de 1790 através de uma carta enviada ao Governador da Capitania de São Paulo, requereu e obteve com sucesso uma sesmaria referente a área atual de Campos do Jordão, fundando a Fazenda Bom Sucesso, depois conhecida como "Campos do Ignácio".

A cidade deve seu nome ao brigadeiro Manoel Rodrigues Jordão, ele que nem a conheceu, tendo recebido em hipoteca as terras de Ignácio Caetano, em 1823, batizando-as de Fazenda Natal, dada a proximidade das festividades natalinas no ato da escritura, que no ano de 1825 ficou conhecida como "Os Campos do Jordão".

Com a divisão das terras após sua morte, em 1827, o português Matheus da Costa Pinto, morador de Pindamonhangaba, ficou com uma área à beira do Rio Imbiri (região próxima à Vila Jaguaribe), ali instalando uma escola, uma capela, um pequeno comércio, uma pousada e uma pensão para "respirantes" – como eram chamados os que sofriam de problemas respiratórios. Surgia a Vila de São Matheus do Imbiri onde a colonização se iniciou, dando motivo para Matheus da Costa Pinto ser considerado o fundador da cidade. Com o crescimento desse primeiro povoado, o bairro, logo depois chamado Vila Velha, transformou-se em Vila Jaguaribe, em 1891, como homenagem a Domingos José Nogueira Jaguaribe Filho, médico, deputado e escritor, que defendeu, com ajuda dos artigos assinados por Quintino Bocaiúva, Theodoro Sampaio e Dom José Pereira da Silva Barros entre 1896 e 1911, a idéia de transferir a Capital da República para Campos do Jordão.

Da pequena Vila Jaguaribe, a cidade estendeu-se pelo vale do ribeirão Capivari dando origem a outros bairros (que hoje formam os principais núcleos da cidade de Campos do Jordão), urbanizados pelos pioneiros Robert John Reid - Vila Abernéssia e o Embaixador José Carlos de Macedo Soares - Vila Capivari.

No início do século XX, o fato do clima local apresentar altos níveis de oxigênio, aliado as baixas temperaturas da região, a cidade passou a ser referência no tratamento de tuberculose, a partir desta época foram criados sanatórios para tratamento da doença, sendo o primeiro o Divina Providência em 1929.

Nos meados da década de 40 Campos do Jordão já possuía 14 sanatórios e as dezenas de pensões nas vilas Abernéssia e Jaguaribe costumavam completar os leitos, sempre insuficientes para acolher todos os enfermos. Nesta época a cidade passou a atrair médicos e pacientes de todo o país, alguns destes, políticos influentes e grandes empresários, que em função dos longos períodos que o tratamento exigia, fixaram residência e trabalho na cidade, colaborando e muito com o desenvolvimento da região.

A procura do clima por personalidades do mundo social e empresarial, principalmente de São Paulo (o maior centro industrial da América Latina), que aqui vieram construir suas casas de veraneio, começou a mudar a fisionomia da cidade, que passava de cidade-saúde para cidade-turismo. É claro que além do clima, outros fatores contribuíram para essa transformação:

A construção do Palácio do Governo, que foi iniciada em 21 de julho de 1938, quando o Dr. Adhemar de Barros era Interventor Federal no Estado e somente foram concluídas 26 anos depois, em 1964, quando este voltou a governar São Paulo;

A construção de hotéis exclusivos para turistas, como o Grande Hotel, construído em 1944 pelo Governo do Estado, no qual foi instalado no ano seguinte um cassino que funcionou até 1946. Outros hotéis de classe internacional também surgiram nesta época, como o Hotel Toriba em 1943, o Hotel Rancho Alegre em 1946 e o Hotel Vila Inglesa em 1947;

O zoneamento, com a localização dos sanatórios fora da zona urbana e a proibição de pensões para doentes em zonas residenciais, eram garantias de que os enfermos ficariam confinados nos hospitais, podendo então os turistas usufruírem da cidade sem o receio de contágio. Estes, por sua vez, para se hospedarem nos hotéis, tinham de apresentar atestados de saúde, sendo que alguns hotéis como o Grande Hotel e o Toriba, tinham inclusive instalações de Raio-X.

O avanço da medicina que introduziu o tratamento quimioterápico em doenças pulmonares tornando secundário o fator clima e a desativação dos sanatórios exclusivamente para tísicos apagaram os últimos vestígios do primeiro ciclo de Campos do Jordão, o Ciclo da Moléstia.

Em 1957, Campos do Jordão recebeu o título de “cidade do melhor clima do mundo”, em um Congresso de Climatologia realizado na cidade de Paris, superando cidades como Davos e Chamonix, a famosa estância francesa, com isto a cidade fechava com chave de ouro sua vocação para estância turística.

Com o crescente fluxo de turistas o Estado começou a investir na Estância com a instalação de equipamentos turísticos e realização de eventos artístico-culturais. A Estrada de Ferro Campos do Jordão, passou de meio de transporte de doentes a prestadora de serviços turísticos, operando trens de luxo entre Pindamonhangaba e Campos do Jordão e bondes urbanos em fins de semana, feriados e temporadas, as antigas gôndolas foram transformadas em auto-trem para transporte de automóveis. Em 1971 foi instalado o teleférico no Morro do Elefante e o controle da ferrovia passou da Secretaria de Transportes para a Secretaria de Turismo.

O Festival de Inverno, que teve sua origem nos "Primeiros Concertos de Inverno de Campos do Jordão", realizados de 24 de julho a 1º de agosto de 1970 no Palácio Boa Vista, é hoje certamente o mais importante festival de música erudita do Pais, e para abrigar esse evento de renome internacional foi construído o Auditório Cláudio Santoro e junto a ele o Museu Felícia Leirner, o maior museu a céu aberto da América Latina.

Devido as características climáticas e paisagem semelhantes as de várias regiões da Europa, Campos do Jordão passou a receber construções com arquitetura típica dos Alpes Suíços, não tendo recebido a esmo o apelido de "Suíça Brasileira".